หลังจากพวกดันสามารถนำความสงบสุขมาสู่โลก Vestroia ได้สำเร็จในภาคที่แล้ว ภัยพิบัติครั้งใหม่ก็อุบัติขึ้นอีกครั้งเมื่อมีกลุ่มบุคคลลึกลับได้จับตัวเหล่ามอนสเตอร์กลับไปเป็นลูกบาคุกัน ดราโก้ที่ยอมสละร่างกลายเป็นคอร์ในภาคที่แล้วจึงได้ย้อนกลับมายังโลกมนุษย์เพื่อขอให้ ดัน กลับไปช่วยโลกเวสโทรเอียที่กำลังตกอยู่ภายใต้สถานการณ์คับขัน