เมื่อ "กล่องของลาพลัส" ที่ถูกผนึกมาร่วม 100 ปี กำลังจะถูกใช้เป็นชนวนแห่งความขัดแย้ง ทำให้เด็กหนุ่ม บานาจ ต้องขึ้นขับ RX-0 ยูนิคอร์นกันดั้ม เข้าสู่สงครามเพื่อช่วย ออเดรย์ เด็กสาวสูงศักดิ์ที่เขาได้พบ และเพื่อหาความเป็นไปได้ที่จะเกิดขึ้นในห้วงอวกาศนี้